第二税务所。负责重点税源集中管理、风险应对和区直机关事业单位社会保险费管理等工作。
第三税务所。负责土地增值税、企业所得税风险应对工作。
金井税务所。承担金井镇、南海乡等2个乡镇的税收、社会保险费和有关非税收入的基础事项管理及其风险应对工作。
君山税务所。承担君山镇、苏平镇、屿头乡等3个乡镇的税收、社会保险费和有关非税收入的基础事项管理及其风险应对工作。
海坛税务所。承担海坛街道、东庠乡等2个(街道)乡镇的税收、社会保险费和有关非税收入的基础事项管理及其风险应对工作。
稽查局。组织实施税务稽查法律法规、规章及规范性文件;承担案源管理、税务稽查、社会保险费和有关非税收入检查工作;组织查办督办税收重大违法案件。