内设机构 

　　办公室（党委办公室）。承担机关日常运转，承担文秘、信息、政务公开、会务、信访、机要保密、档案、督查督办等工作；组织实施绩效管理和年度绩效考评工作。

　　法制科。承担依法行政工作；起草相关税种、社会保险费和非税收入综合性政策文件；承担规范性文件合法性审查工作；承担重大执法决定法制审核工作；组织协调重大税务案件审理；承担税务行政复议、行政应讼工作。

　　货物和劳务税科。组织实施增值税、消费税、车辆购置税等征收管理工作；对相关税种具体业务问题进行解释和处理；负责增值税发票管理。

　　进出口税收管理科。组织实施进出口税收的管理工作；对进出口税收具体业务问题进行解释和处理；参与海关特殊监管区域税收管理工作；承担出口退税工作。

　　所得税科。组织实施企业所得税征、个人所得税收管理工作；对企业所得税、个人所得税具体业务问题进行解释和处理；组织实施国家（地区）间税收条约（安排）；承担跨境税收管理工作；组织实施反避税工作；负责外事管理。

　　财产和行为税科。组织实施房产税、城镇土地使用税、土地增值税、契税、城市维护建设税、印花税、资源税、环境保护税、车船税、耕地占用税和烟叶税等征收管理工作；对相关税种具体业务问题进行解释和处理。

    社会保险费科。组织实施基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费等社会保险费征收管理工作。

    非税收入科。组织实施文化事业建设费、教育费附加和地方教育附加等有关非税收入的征收管理工作。

　　收入核算和税收经济分析科。组织实施税收、社会保险费和有关非税收入的中长期规划；拟订出口退（免）税年度安排，组织实施免抵调库年度安排；组织实施税收收入的预测分析和重点税源监控管理工作；组织实施税收经济分析工作；运用税收数据对本地区经济运行情况开展动态监控分析；承担税收政策效应分析工作。

　　纳税服务科。组织实施纳税服务工作；承担税法宣传、纳税辅导、咨询服务、办税服务和权益保护等工作。

　　征收管理科。组织实施税收征管法律法规、规章及规范性文件；承担税务登记、纳税申报、普通发票管理等征管工作；组织实施信息化建设工作。

　　财务管理科。组织实施预决算、基建、会计核算、财务内控和政府采购、固定资产等工作。

　　督察内审科。组织实施税收、社会保险费和有关非税收入的执法督察；组织实施预算执行、基本建设、政府采购等内部财务审计和领导干部经济责任审计。

　　组织人事科。组织实施干部人事制度及人才队伍建设；承担人事、机构编制、干部考核、劳动工资等工作；承担数字人事管理、个人绩效考评工作；负责教育培训工作。

　　机关党委（党建和巡察工作科）。负责机关和派出机构党群工作；统筹和指导系统党群工作，宣传和执行党的路线方针政策，组织和指导系统巡察工作。

　　老干部科。负责老干部工作。

　　根据有关规定，设置党委纪检组，承担党的纪律检查工作。 

　　事业单位

　　纳税服务中心(税收宣传中心)。负责12366纳税服务热线管理和平台运维工作；承担税收宣传工作。

　　信息中心。负责信息化建设的技术支持保障、税收管理信息系统运行维护、信息安全等工作。

　　机关服务中心。负责机关后勤事务管理、保障和服务工作。 

　　派出机构

　　第一税务分局（重点税源企业税收服务和管理局）。组织实施重点税源企业税收服务和管理工作；承担“千户集团”企业名册管理、数据采集、风险应对工作。负责所管辖的纳税户和缴费户的税收、社会保险费和有关非税收入的征管、检查工作。

　　第二税务分局（税收风险管理局）。组织实施税收风险管理工作。

　　稽查局。组织实施税务稽查法律法规、规章及规范性文件；承担案源管理、税务稽查、社会保险费和有关非税收入检查工作；组织查办督办税收重大违法案件。

　　第一稽查局。承担列名大企业的税务稽查、税收高风险事项应对和协查等工作；负责所辖区域仙游县、荔城区、城厢区、涵江区、秀屿区（含莆田市湄洲湾北岸经济开发区）内税收、社会保险费和有关非税收入违法案件的查处以及查办案件的执行工作。